وقتی از «نظام آخوندی» به‌عنوان یک حاکمیت سیاسی ــ مذهبی می‌گوییم، جدای از نقش محوری ولی‌فقیه در علت نامگذاری این ساختار، باید این را مد نظر داشته باشیم که خاستگاه و سنتی‌ترین پایگاه قدرت این نظام روحانیت حکومتی و حوزه‌های وابسته به آن می‌باشد. در این زمره‌اند نقش بلاجایگزین امامان نمایش‌های جمعه برای پیشبرد سیاست ولی‌فقیه و نیز توجیه ایدئولوژیک و مذهبیِ جنایت، سانسور و استثمار توسط صدارت‌نشینان ولایی و بازوی نظامی‌شان مثل سپاه پاسداران.
یادآوری می‌شود که تا خمینی بود، یک هدف عمده‌اش این بود که دانشگاهها را به زیر هژمونیِ حوزه‌های تحت‌امر حکومتش بکشاند. برای این هدف، کودتای فرهنگی علیه دانشگاهها را راه انداخت و چند آخوند حوزوی را هم در شمار اعضای ستاد انقلاب فرهنگی گنجاند.
بنابراین طبقهٔ مفت‌خور آخوندی که بیشترین سهم و سود را در اعمال سلطه‌گری در نظام ولایت فقیه دارد، از اجزای اصلیِ الیگارشی جدایی‌ناپذیر حاکمیت و دولت جمهوری اسلامی می‌باشد. خمینی هم با همین هدف، اصل ولایت فقیه را در قانون اساسی گنجاند تا صدارت و سلطهٔ روحانیت حکومتی و شاخه‌های حوزوی وابسته به آن را تصمیم‌گیرنده، هم‌نفس با نظام و تضمین تداوم عمر آن کند.
بدین‌سان خمینی زندگی، سرنوشت و آینده حوزه‌های به‌اصطلاح علمیه را با سرنوشت و سیاست حکومتش پیوند زد و آنها را به عناصر اصلی و تعیین‌کننده در ساختار سیاسی ــ عقیدتی رژیمش تبدیل کرد. از همان آغاز هم در این ساختار، قوه قضاییه را نمایندهٔ خودش تعیین نمود و تمامیتش را در تیول این قشر دارای عقدهٔ پول، قدرت و صدارت قرار داد.
حالا این جماعت تنیده به سیاست و مذهب که جنایت و چپاول را با کلاه دجالیت دینی پیش برده، بنا بر گفتهٔ یکی از نمایندگان مجلس، گرفتار مکافات بازخورد سنگین اجتماعیِ آن در درون خود شده و دچار تناقضات اعتقادی و بعضاً دگردیسی در لایه‌هایی از حوزه‌های مذهبی شده است.
وفور دجالیت مذهبی و دینی با کلاهک سیاست برای حفظ نظام آخوندی به موازات دوری جستن نسل‌های تحول‌خواه و جدید ایران از ابتذالی تحت عنوان اسلام فقاهتی و حوزوی، تناقضات آن را به ساختار تفکر حوزوی سرایت داده است. این سرایت تا حدی عمق یافته که خبر از «خطر سکولاریسم در حوزه‌های علمیه قم» می‌دهد! خبر این تلاطم در رکن اصلی نظام را یک نمایندهٔ مجلس خبرگان به‌نام محمد عراقی با ابراز درون‌مایهٔ پوسیدهٔ این ساختار، این‌گونه با هول و ولا ابراز می‌دارد:
«خطر سکولاریسم در حوزه علمیه قم جدی است. فقه حکومتی در اسلام این‌گونه نیست که به فردی و اجتماعی تقسیم شود بلکه حتی نماز و طهارت هم باید با دید فقه حکومتی نگریسته شود. دشمن در پی سکولار کردن حوزه قم است» (روزنامه حکومتی مستقل، ۲۰بهم ۹۹).
در بررسی مسائل مبتلابه ایران آخوندزده و اشغال‌شده تردیدی نیست آنچه با تمامیت این رژیم، تعیین‌تکلیف و نفی نهایی و تاریخی خواهد شد، حوزه‌های جهل آخوندی و روحانیت مرتجع حکومتی خواهد بود. در جوهر این تعیین تکلیف، آن تحولی که از ۴۲سال پیش کلنگش خورد، اضمحلال در تقدیر و هزیمت تاریخیِ تفکر ارتجاعی حوزوی ـ آخوندی بوده است.
اکنون تعارض بین صورت مسألهٔ فوریِ آزادی و دموکراسی با ظرف و ساختار روحانیت حکومتی، به سرفصل نهایی پای نهاده است؛ سرفصلی که از پی نبردی سهمگین و تاریخی با بازماندگان عصر ماموتها باز آمده است. اخبار دگردیسی اعتقادی در حوزه‌های جهل را نیز باید نتیجهٔ بازخورد چنین روندی دانست که به‌مثابه بمبی خوشه‌یی و تکثیرشونده، خاستگاه اصلی نظام ولایت فقیه را دچار تلاطم سرنگونیِ عجین با تمامیت نظام خواهد کرد.
