از ابتدای تشکیل حکومت آخوندی توسط خمینی تحت عنوان نظام اسلامی و ولایت مطلقه فقیه، طیفی از سران حوزه‌های آخوندی و طلاب این حوزه‌ها با ولایت فقیه و به دست گرفتن حکومت و قدرت توسط آخوندها مخالف بوده و هستند. اما با تسلطی که خمینی بر حوزه‌های آخوندی داشت این مخالفتها کمتر مجال بروز پیدا می‌کرد.
در زمان خامنه‌ای این مخالفت بیشتر شد به گونه‌یی که هرازگاهی آخوندها و امام‌جمعه‌های وابسته به آن ترسشان را از این وضعیت ابراز می‌داشتند.
آن‌چه که در سالهای اخیر و به‌ویژه در چند ماهه پس از قیام دیماه ۹۶ مهم و جالب توجه است، سرعت پیشروی این تفکر و موضع تدافعی و شکننده خامنه‌ای و باند او در قبال آن است.
به‌دلیل آثار کوبنده قیام بر پیکره نظام آخوندی مخالفت با خامنه‌ای و ولایت فقیه در حوزه‌ها هم گسترش یافته به گونه‌یی که تعدادی از محافل آخوندی در حوزه‌ها دست به مخالفت با وجود اصل ولایت فقیه در قانون اساسی زده و آخوندهای وابسته به خامنه‌ای را دچار وحشت کرده است.
در این رابطه آخوند جعفر منتظری دادستان کل رژیم آخوندهای مخالف خامنه‌ای در قم را زیر‌ضرب گرفته است، زیرا« در قم عده‌یی روحانی‌نما جلسه می‌گیرند که چگونه ولایت فقیه را حذف کنند؟»
این مهره خامنه‌ای به ایجاد تشکل‌های آخوندی علیه خامنه‌ای در قم اعتراف می‌کند و مخالفت آنها را نتیجه نفوذ دشمن در «بین حوزه‌های علمیه» می‌داند، و از موضع دادستان هم می‌گوید: « بنده به اعتبار مسئولیت در دادگاه ویژه می‌بینم که گزارشات غیرقابل تردیدی در این رابطه ارائه می‌شود؛ در شهر مقدس قم عده‌یی روحانی‌نما در قالب تشکل هایی، تشکیل جلسه می‌دهند و موضوع جلسه این آقایان این است که چگونه موضوع ولایت فقیه را از قانون اساسی و نظام حذف کنیم».(خبرگزاری مهر ۷اردیبهشت ۹۷)
آخوند علیرضا عبادی در نمایش جمعه بیرجند نیز هراسش را از حذف ولایت فقه و از پای درآمدن آن چنین ابراز می‌دارد: «دشمن می‌خواهد ولایت فقیه را از پا در آورد لذا هر کس هر حرفی علیه ولایت فقیه بزند از حلقوم دشمن زده است».(سایت حکومتی شبستان ۷اردیبهشت ۹۷)
آخوند احمد جنتی رئیس خبرگان آخوندی نیز ضمن آه‌وفعان نسبت به ضدیت دانشجویان و دانشگاههای کشور، آنها را «مشکل‌آفرین و نه «حلال مشکلات» می‌نامد و تعجبش را از این وضعیت این‌طور ابراز می‌دارد: «نمی‌دانم چرا در دانشگاهها و در میان دانشجویان و اساتید برخی به حدی گمراه هستند که در نهان و آشکار ولایت فقیه را قبول ندارند. در حالی که این ولایت فقیه با سپاه پاسداران و بسیج است که با دشمنان در حال جنگ هستند».(خبرگزاری ایسنا ۱۰اردیبهشت ۹۷)
در این میان گاه دفاعی که از ولایت فقیه و از شخص خامنه‌ای می‌شود چنان ناشیانه است که بیشتر دست ولی‌فقیه را رو می‌کند.
مثلاً در جواب کسانی که فساد در این رژیم را با فساد زمان شاه که هزار برابر کمتر بود مقایسه می‌کنند، یا این‌که می‌گویند چرا خامنه‌ای با این فساد و مفسدان درنمی‌افتد. در این زمینه خبرگزاری سپاه پاسداران(فارس) لاطلائلاتی را به این شرح بافته است: «تبیینی بر نسبت جمهوری اسلامی و رژیم پهلوی با فساد؛ فساد ذاتی و غيرذاتی! ممکن است در ذهن بسیاری این سؤال وجود داشته باشد که با توجه به حضور ولایت فقیه در رأس سیستم سیاسی جمهوری اسلامی ایران، توجیه بسیاری از فسادها و تبعیض‌ها و کمبودها و مشکلات چگونه ممکن است. هزاران سایت و شبکه و کانال معاند و مخالف آماده‌اند تا اعتراضات ولی‌فقیه را به مفاسد کشور دالّ بر فساد و اضمحلال جمهوری اسلامی بگیرند و تبلیغات سوء خود علیه نظام را صدچندان کنند. در چنین شرایطی به حکم عقل باید بخش قابل‌توجهی از مبارزه با فساد توسّط رهبری به‌صورت مخفی و غيرنمایشی و دور از چشم همگان صورت پذیرد».
آخوند فاضل لنکرانی نیز به نفرت مردم از حاکمیت ولایت فقیه و مخالفت طیفی از آخوندها با آن اعتراف می‌کند و در این رابطه می‌گوید: «عده‌يی می‌خواهند روحانیت نسبت به انقلاب بی‌تفاوت باشد. متأسفانه چند سالی است که این فکر دومرتبه اظهار وجود می‌کند که ما دخالت در امور نکنیم! روحانیت خودش را از صحنه کنار بکشد، روحانیت یک نظارتی و یک اشراف کلی و یک هدایت کلی داشته باشد».
این وضعیت بیانگر آن است که در میان حوزه‌های آخوندی نیز پشم چندانی بر کلاه علی خامنه‌ای باقی نمانده است که این‌چنین مخالفت با او به نسبت گذشته هم در پایین و هم در بالای حوزه‌ها گسترش پیدا کرده است.
آن‌چنان که به اعتراف آخوند جعفر منتظری تلاش دارند ولایت فقیه یعنی ولایت خامنه‌ای را در حال حاضر از قانون اساسی رژیم حذف کنند.
