در غوغای فیضیه در روز ۲۵مرداد ماه گذشته، سخنران اصلی رحیم پور ازغدی مهره خامنه‌ای در نهاد موسوم به شورای عالی انقلاب فرهنگی بود، او در سخنرانی‌اش از جمله گفت: «برخی افراد ریشه سکولاریسم را در دانشگاه‌ها دنبال می‌کنند، اما ریشه سکولاریسم در حوزه علمیه بوده و در حوزه علمیه به مسائل روز کشور و مسائل حل نشده توجه نمی‌شود».
سکولار عنوانی است که رژیم به همه مخالفان ولایت فقیه در حوزه می‌دهد. به هر حال از آن روز تا به‌حال دعوا بر سر حوزه هر روز بیشتر و عمیق‌تر شده است. واقعاً مشکل نظام با حوزه‌ها بر سر چیست؟ و چرا نمی‌تواند به این ماجرا پایان بدهد؟
حوزه‌های آخوندی از اول روی کار آمدن خمینی و حکومت آخوندی قاعده نیرویی آن بوده‌اند و بدنه و کادرهای رژیم را اساساً حوزه‌ها تأمین کرده‌اند. اما این به‌معنی تمکین تمامی حوزه‌ها از آن نیست. اظهار نارضایتی رحیم پور ازغدی که از تبلیغات‌چیهای خاص خامنه‌ای از حوزه‌ها و این‌که او حوزه‌ها را بیش از دانشگاه‌ها مرکز سکولاریسم می‌خواند اذعان به شکاف بین حوزه و حاکمیت ولایت فقیه است. شکافی که پیش از این نیز سردمداران رژیم به آن اعتراف کرده‌اند.
به‌دنبال هشدار رحیم پور ازغدی در مورد خطر سکولاریسم در حوزه‌ها آخوند علی‌اکبر رشاد رئیس شورای حوزه علمیه استان تهران هشدار داد «یکی از آفات عظیم که هم‌اکنون حوزه علمیه را تهدید می‌کند ظهور روحانیان فوکولی و کت و شلواری است. تجربه تلخی که در عالم مسیحیت اتفاق افتاد».(سایت انتخاب ۸شهریور۹۷)
آخوند علم‌الهدی نماینده و امام جمعه خامنه‌ای در مشهد هم با بیان این‌که سکولاریسم مهمترین تهدید حوزه‌های علمیه است گفت: «متأسفانه این بیماری سکولاریسم به بعضی از ابعاد حوزه‌های علمیه ما نیز نفوذ کرده و جریانهای سیاسی ما هم دقیقاً وارد بلای سکولاریسم شده‌اند».(خبرگزاری تسنیم ۵اردیبهشت ۹۷)
آخوند احمد خاتمی در روز ۱۹دیماه سال ۱۳۹۲ مخالفان در حوزه‌ها را به ۵دسته تقسیم کرد و گفت: «گروه اول فقیهانی هستند که نظر آنها با ادله ولایت فقیه مطابقت ندارد». گروه دوم را کسانی معرفی کرد که درباره این نظریه شبهه دارند و باید "به شبهات آنها پاسخ داده شود". گروه سوم کسانی هستند که اصل "ولایت فقیه" را پذیرفته‌اند، اما با شخص علی خامنه‌ای، مخالفت هستند». خاتمی در مورد گروه چهارم گفت «نه تنها مخالف بلکه «علیه ولی‌فقیه می‌باشند». و در مورد گروه پنجم مخالفان در حوزه گفت « گروه پنجم مخالفان افرادی هستند که به‌دنبال براندازی نظام هستند که باید با آنها برخورد شود».
دو سال بعد از این اظهارات آخوند خاتمی، خود خامنه‌ای در روز ۲۵ اسفند ۱۳۹۴ به صحنه آمد و هشدار داد که «حوزه باید انقلابی بماند». او سراسیمه خطاب به طلّاب و آخوندهای حوزه هشدار داد «اگر دیدید انقلاب‌زدایی دارد انجام می‌گیرد باید احساس خطر کنید. خب، احساس خطر کردن کافی نیست، باید به فکر علاج بود».
سایت رجانیوز وابسته به باند خامنه‌ای ۳شهریور ۹۷ مؤلفه‌‌های حوزه سکولار از دیدگاه خامنه‌ای به این شرح تبیین و تشریح کرده است:
۱- کناره‌گیری و انزوا
۲- تحجر و جمود
۳- بی‌خبری
۴- بی‌تفاوتی
۵- نگاه غیرجدی
۶- بی‌بصیرتی
۷- جهل و بی‌خبری
این سایت حکومتی آفات سکولاری شدن حوزه‌ها را هم به‌نقل از خامنه‌ای به شرح زیر برشمرده است:
۱- آسیب دیدن دین
۲- تضعیف حکومت اسلامی
۳- حذف شدن
۴- جرأت یافتن دشمنان
۵- جدایی از مردم
اما لاعلاجی خامنه‌ای و حاکمیت ولایت فقیه در روزهای اخیر از یک سایت وابسته به خامنه‌ای به اسم بهارستانه بیرون زد. این سایت نوشت: «تاثیرات مخرب» مجاهدین بر طلاب جوان واقعی است». نویسنده مقاله از برخوردش با یک طلبه جوان نوشته است که ادبیاتش شبیه مجاهدین بود و حتی به‌راحتی از «مباحث تبیین جهان مسعود رجوی» کد می‌آورد و گویی آن اندیشه‌ها، اعماق ذهن و ضمیرش را مسخر کرده است».
مقاله کذایی سپس به بحران بی‌راه‌حلی در زمینه ایدئولوژیک اذعان کرده و نوشته است:« این تهدید مرزی نمی‌شناسد، حوزه و دانشگاه و دبیرستان نمی‌شناسد. واقعیت امر این است که جوان به افکار نو نیاز دارد».
این سایت علت نگرانی نظام از حوزه‌ها و بی‌راه‌حلی آن در مقابل ایدئولوژی مجاهدین را به این صورت بیان کرده: «بعضی از این محفل‌هایی که در حوزه علمیه‌ها تشکیل می‌شود و مستقیم یا غیرمستقیم به مجاهدین متصل است، منطقاً نمی‌تواند از نگاه خیلی از اساتید حوزه پنهان مانده باشد».
