بحرانی که روز پنجشنبه گذشته از حوزه قم و با بلند کردن پلاکارد پرمعنای «ای آن که مذاکره شعارت، استخر فرح در انتظارت» کلید خورد با گذشت ۶روز هم‌چنان سیر صعودی دارد و کار به جاهای باریک یعنی به رأس نظام و نهادهای اصلی قدرت خامنه‌ای کشیده است.
در حال حاضر همه سعی می‌کنند از این بحران که مثل مینی زیر پای نظام منفجر شده فاصله بگیرند و از خود سلب مسئولیت کنند. روزنامه حکومتی ابتکار ۳۰مرداد این وضعیت را با عبارت معروف «کی بود؟ کی بود؟ من نبودم!» بیان کرده و می‌نویسد: «تاکنون کسی در این رابطه پاسخگو نبوده است. هر نهاد و فردی به‌صورت جداگانه اعلام برائت کرده است و گفته که ما اطلاع نداشته‌ایم».
به‌دنبال بیانیهٔ اعتراضی آخوند مکارم که در آن خواسته بود مسئولان حوزه و مسئولان سپاه وضعیت خود را در این قضیه روشن سازند، تعدادی از فرماندهان سپاه با آخوند مکارم دیدار کردند و کوشیدند او را قانع کنند.
در این ملاقات، مسئول نمایندگی ولی‌فقیه در سپاه استان قم گفت: سپاه در شکل‌گیری و برگزاری این تجمع هیچگونه نقشی نداشته است و هیچ‌یک از نیروهای این نهاد در این برنامه حضور نداشتند و تصاویری که در بعضی رسانه‌ها از حضور اعضاء سپاه در این برنامه منتشر شده مربوط به مراسم دیگری بوده و انتشار این عکسها اقدامی ناشیانه در راستای تخریب سپاه بوده است».(خبرگزاری ایرنا ۳۰مرداد ۹۷)
پاسدار طیبی‌فر، سرکردهٔ تیپ موسوم به امام صادق که در مراسم فیضیه سخنرانی کرده و از او در گزارش دیدار با مکارم، با عنوان حجت‌الاسلام نام برده شده، به‌طور خنده‌داری گفته است که در آن مراسم به‌طور اتفاقی پشت تریبون قرار گرفته و قصد سخنرانی نداشته است.
پاسدار دیگری به نام غلامرضا احمدی، سرکرده سپاه موسوم به علی بن ابیطالب، در نامه‌یی به آخوند مکارم نوشته است: «قطعا این اقدام، حرکتی از سوی عناصر کینه‌توز در راستای پروژه سپاه هراسی بوده و... سپاه نیز به‌عنوان مدعی در این قضیه خواهان برخورد قاطع با شایعه‌سازان و عوامل تخریب سپاه» است.(خبرگزاری ایسنا ۳۰مرداد ۹۷)
از سوی دیگر باند روحانی از طریق رسانه‌ها و مهره‌های رسانه‌یی خود خواستار پیگیری این جریان است. یکی از مهره‌های این باند به نام نعمت احمدی در روزنامه ابتکار توجیهاتی را که در این قضیه می‌شود، «توهین به شعور مردم» توصیف کرد و گفت: « مگر می‌شود کسی با لباس روحانیت در مکانی مانند مدرسه فیضیه تجمع کند و شعار بدهد اما کسی در جریان آن نباشد». او همچنین با اشاره به شایعاتی که در مورد قتل رفسنجانی از قبل بر سر زبانها بود، می‌افزاید: «حالا یک عده آمده‌اند و اعلام کرده‌اند که ما ایشان را کشته‌ایم. بعد به جای این‌که پیگیری شود و ببینند که ریشه این ماجرا به کجا ختم می‌شود می‌گویند ما اطلاع نداشته‌ایم... لااقل الآن که در جریان قرار گرفتند می‌توانند کمک کنند تا سرمنشاء پیدا شود».(ابتکار ۳۰مرداد ۹۷)
اما بحران قم، حرفهایی عمیق‌تر از جمله بحث استقلال حوزه یا در واقع خارج شدن حوزه از سیطره ولی‌فقیه را مطرح کرده است.
روزنامه جمهوری اسلامی ۳۰مرداد ۹۷ تحت عنوان «حوزه علمیه استقلال می‌خواهد» می‌نویسد: «آنچه در روز پنجشنبه گذشته در مدرسه فیضیه قم رخ داد، زنگ خطری بود که به همگان فهماند حوزه علمیه استقلال خود را از دست داده است».
صریح‌تر از این آخوند هاشم‌زاده هریسی، از اعضای خبرگان ارتجاع، با به چالش کشیدن خود خامنه‌ای تحت عنوان افراد تندرو گفته است: «اکنون همگان باید از مراجع و حوزه‌ها در مقابل افراد تندرو حمایت کنند... گفتن حرف‌های تندروانه‌ای مانند این‌که «حوزه‌ها باید انقلابی باشند» معنایی جز این ندارد که حوزه‌ها باید تندرو باشند».(خبرگزاری ایسنا ۳۰مرداد ۹۷)
در مقابل این حملات، برخی دلواپسان، صراحتاً از غوغای قم حمایت می‌کنند، از جمله آخوند حمید روحانی که اظهاراتش در روزنامه رسالت ۳۰مرداد به چاپ رسیده ضمن حمله به حسن روحانی گفت: «اعتراض طلاب حوزه علمیه قم بسیار کار درستی بود که با اجتماع عظیمشان در مدرسه فیضیه به دولت هشدار دادند و برای این سازش‌کاریها دولت را توبیخ کردند».
